龙威（郑中基 饰）及好兄弟吴树喜（李灿森 饰）、黄金舟（张达明 饰）已成为警察2年了，但仍然沉迷游乐。他们几个来到了皇母瑶池村泡温泉，竟然破坏了飞虎队的围捕计划，原来是该村村民猫屎强偷走了镇村之宝的皇母娘娘像。为了平息民愤，警队决定把龙威几个派到该村当警长。村民们都觉得他们是瘟神，处处为难他们。龙威喜欢上了村中女孩小柔（杨爱瑾 饰），小柔父亲见龙威的骨骼精奇，便决定教会龙威咏春。龙威学有所成，打败了临村恶霸。因为龙威等人的善良，村民们也消除了对他们的成见。一年一度的皇母娘娘诞又来了，警方认为猫屎强会再次回到该村偷另一尊佛像，决定这次要将他绳之于法，但龙威却觉得猫屎强的到来是另有原因……
由于父母离异，刚满10岁的忠志（神木隆之介饰）只好跟母亲来到乡下跟外公一起生活。一次偶然，忠志参拜神社时被选为“麒麟送子”。当地有个传说，被选为麒麟送子的孩子可在大天狗山顶，拿到传说中大天狗守护的飞剑。传说那飞剑是用来维护和平的，伙伴们揶揄他不敢上大天狗山取麒麟送子的宝剑。他在尝试一半后，被吓回来。 另一方面，千年魔人加藤保宪（丰川悦司饰）复活，他利用废旧物品的怨气，将其与抓来的妖怪们扔到大怨灵炼火中融合形成邪恶的怪物军团，并率领它们企图毁灭人类。在山神、河童和川姬等妖怪的努力下，忠志通过了考验。为了保卫世界，忠志决定和妖怪们齐心合力，和大恶人决一死战，妖怪大战争正式展开！
