西曆2045年。以新超時空要塞7號艦為中心的第37次超長距離移民團--超時空要塞7--一邊和神秘的巴洛達軍多次交戰，一邊向銀河的中心航行！ 而在西曆2046年。在戰爭的一角，本篇故事開始了…… 由於巡邏中的一次意外而辭去軍職的女軍官瑪哈拉，退役當天因為意外事故死亡的部下之父對她懷恨在心，因而招來殺身之禍。 在千鈞一髮之際救了她的人是個腳穿空中冰刀的少年御堂柴--一個綽號"黑色轟炸機"，粗野的T-CRUSH選手。相傳柴是以往曾經亟欲獲得天才飛行員名號，現在身為超時空要塞7艦長的麥克斯的私生子…… 對柴充滿興趣的瑪哈拉帶領新加入的成員，擔任柴所屬隊伍的教練。擔任經理、一心想成為歌手的艾妮卡對柴與瑪哈拉的關係感到困惑不已。瑪哈拉完全無視艾妮卡的感受，讓柴與莫巴德展開了一場競賽。雖然柴以自己拿手的技巧而揮灑自如，但卻在最後一圈被接受瑪哈拉指示的莫巴德打敗。之後，柴就從隊上消失了。艾妮卡擔心他，為了尋找他而來到了工廠艦。在貧民區被混混抓住。最被瑪哈拉搭救。 從瑪哈拉那裡得到訊息而到一間公寓找尋的艾妮卡，在那裡看到了和美少年一起生活的柴……震怒的艾妮卡加上前來報仇的混混，一場大戰就此展開……
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
