无数细线横亘在星空之中，如同一把巨大的刷子。三体星舰队将于400年后抵达。遥远蝴蝶扇动着翅膀，也改变了罗辑的命运，轰然打开的门后是世界中心——面壁计划开启。同时，智子所创建的破壁室内，破壁人一一就位……
在白天，羽丘芽美（樱井智 配音）是就读于圣波利亚学院二年级的普通女生，可是一到夜晚，她就会变身成为行侠仗义的怪盗圣少女，在好友深森圣良（井上喜久子 配音）的帮助下展开劫富济贫的行动。芽美最大的对手不是别人，正是同班同学，自称为名侦探的飞鸟二世（冈野浩介 配音）。飞鸟强烈的正义感让他下定决心，誓要揭开圣少女的真正面目，父亲刑警的职业也为飞鸟的抓捕行动提供了便利，虽然屡屡经历失败，但飞鸟并没有因此而气馁。 其实，飞鸟一直占据着亚美作为普通少女的内心，但碍于身份无法向他表达，游走在双重身份之间也让亚美经历了一些特殊的惊险时刻。一个不断追捕，一个不断逃避，最终这本性善良的两人竟会迎来怎样的结局呢？
时为公元2202年。 自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。 在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球， 与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。 在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。 如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
