将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！ 神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
阮力（周润发 饰）曾经参加过越南战争，战争结束后，空有一身功夫的阮力失去了目标，他来到了香港，成为了一名杀手。虽然杀人如麻，但阮力却保留了一颗善良的心，在香港，他邂逅了名为阿琳（关之琳 饰）的女孩，两人坠入了情网。可是，在一次任务中，阿琳的父亲成为了阮力的目标死于非命。 渐渐的，阿琳对阮力的真实身份产生了怀疑，她的怀疑让她成为了下一个目标。阮力无法对阿琳下手，于是带着她踏上了逃亡的旅程，途中，阿琳终于知道了自己父亲死亡的真相，伤心欲绝的她对阮力充满了仇恨，她发誓要替父报仇。
