《诺亚方舟》根据圣经故事改编，由达伦·阿伦诺夫斯基亲自创作剧本和同名漫画。这是一个没有希望的世界，没有雨、没有粮食，军阀和野蛮的游牧部落统治一切。诺亚是这个残酷世界的一个好人，一个久经沙场的战士、法师和治疗师，他只想和家人过上安宁平静的生活。然而，每天晚上他都会被一个噩梦所折磨，梦里整个世界被一场大洪水吞没。久而久之他意识到，这正是造物主给他的讯号，上帝要惩罚人类，把他们杀光……但他给了诺亚一个机会，让他得以保存地球上的物种。
作家米娅与单身父亲埃米尔相爱后，两人为了要孩子接受了生育治疗，他们的幸福生活也因此受到了考验。
安迪·古德里奇（迈克尔·基顿 Michael Keaton 饰）的第二任妻子进入了戒毒所，留下他和他们年幼的孩子们，他的生活变得分崩离析。古德里奇不得不求助于他的大女儿格蕾丝（米拉·库尼斯 Mila Kunis 饰），而格蕾斯正努力帮助安迪成为一个崭新的父亲。
纽约一家公共广播电台的记者艾萨克（汤米·尼尔森 Tommy Nelson 饰），在年幼时因车祸丧失了双亲，自己也因此坐上了轮椅。生活的平静被一个名为“中国古代女孩”的神秘人的信息打破，这条信息揭示了一个健全的男子企图贿赂医生，以故意截断自己的腿。艾萨克决定深入调查这个事件，追求独家新闻。 然而，在调查的过程中，他与一位美丽而神秘的女孩菲奥娜（维拉·法米加 Vera Farmiga 饰）相遇。菲奥娞成为了他的向导，引领他进入了一个极度隐秘的社群。在这个社群中，艾萨克发现了一种异常奇特的边缘亚文化，其中人们通过拥有身体残疾来探寻某种精神上的升华。随着调查的深入，发生了一系列离奇的故事和事件。
一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任。在此关头，尚在恢复中的斯波克发现这艘外星探测器正尝试与地球上的座头鲸建立联系；但不幸的是，早在3个世纪前座头鲸就因过度的捕猎而灭绝了。 柯克命令“赏金号”进入引力弹射状态，利用太阳的万有引力而穿越时空来到20世纪后期。星舰于1986年抵达了美国加利福尼亚州的旧金山市，船员们将星舰藏在金门公园的一处草坪上。此后，他们开始寻找能与外星探测器沟通的鲸鱼、能将鲸鱼装在星舰上的容器，以及能让猛禽舰恢复能源供应的物质——在星舰穿越时空的旅途中能源几乎被耗尽。柯克与斯波克最终获得了一位鲸类专家吉莉安·泰勒博士的协助，她在索萨利托市鲸鱼协会照料两头座头鲸。 在经历了许多的困难后——包括让泰勒相信他们的确来自未来——进取号的船员们成功地营救了两头座头鲸，并将它们带到未来，及时地拯救了地球。然后船员们被带到了联邦委员会的面前，接受众多的指控。没有被作为被告的斯波克也与其他船员们站在了一起。最后，鉴于他们新近的英勇表现，除了对柯克中将的控告外，针对其余被告的所有控告都被撤销。柯克以作为一名上级军官却违背命令的罪行被判有罪，并象征性地被降职为上校以示惩戒；但作为对他英勇行为的表彰，他被任命为联邦星舰进取号-A的舰长。与进取号船员一同来到23世纪的泰勒博士，决定加入星际舰队并成为一名科学官。 作为情节框架的支线剧情，展现了斯波克逐渐地恢复了他的记忆、他此前获得并接受的人类传统，以及他对自己情感的承认。在影片开始时，他不明白母亲询问他的“感觉”有何意义；但到最后，他已能足够意识到“感觉”对人类的重要性，并托父亲告诉母亲，他“感觉良好”。
少年时代的一场意外让男孩小马（黄轩 饰）的双眼失去了光明，自杀未遂后，阴沉的小马辗转来到了由沙复明（秦昊 饰）所经营的盲人按摩中心就职。在这里，聚集了许多和小马一样的盲人，无论是先天还是后天，生活在共同的黑暗里让这群盲人之间产生了深厚而坚实的友谊。 王大夫（郭晓冬 饰） 和女友小孔（张磊 饰）远道而来投奔沙复明，小孔充满了女人味的声音和气息令小马的内心产生了涟漪，执着而决绝的小马追寻着内心的声音，不断的向小孔靠近着。之后，一个名叫小蛮（黄璐 饰）的发廊小姐出现在了小马的生命里，随着时间的推移，小马竟然开始对小蛮产生了感情。
