《海底小纵队第九季》讲述了一群可爱小动物组成的海底探险小队的故事。他们居住在神秘基地——章鱼堡，随时准备出发去解决海底、陆地、空中的险情、排除可能发生的危险。小纵队成员们以巴克队长为领导核心，集结呱唧、皮医生、达西西、章教授、西瓦、巴德等团队成员在全球各地完成“探险、拯救、保护”的使命。他们足智多谋，各怀绝技，齐心协力，时刻准备克服险情，排除危机，为各种各样真实存在的陆地及海洋生物提供帮助与救援。
对于自己出生24年以来没有女友的人生感到不安的フグ野マスオ在向占卜师询问是否能拥有恋人的时候、得到的答案却是[一生无法恋爱或者结婚]。为此所受到的打击在一场相亲中为对象潮崎渚的一见钟情所打破。强行将渚带出去的渚的友人同时也是是マスオ的同事的磯辺波子的指导下互相接近，マスオ也在为了成为渚的恋人而奋斗但是……
从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被捲入了这场争斗的漩涡中。就像凯特的遗言一样，崭新的雷奥尼克斯格斗已经开始了！？
已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。 『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。 他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。 正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。 而原因却不明…… 不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前出现了巨大的身影…… 那是以前在地球出现过，但是大部分人认定现在已经灭亡了的怪兽！！！ 就在同一时刻 出现了能够驾驭怪兽的青年——（レイ）零 他到底是什么人？ 想象一下！激烈程度达到顶点的战斗就要开始了──！
