枪神记讲述了基因锁作为一项神秘降临的超时代科技，它能促使人体机能在速度、力量、感官等得到空前强化。成功打开基因锁的人成为新时代的“特工”，而特工中的佼佼者们被称为——“枪神”。围绕基因锁这一新型军备，各势力激烈斗争，纷纷成立学院培育特工。随着实验的突破与应用，同时来自神秘种族的胁迫，更让世界逐步陷入战争的泥沼...战乱结束之后，神秘种族消逝殆尽，特工、枪神更成为无从证实的都市传说，仅剩的两大特工组织“深海”与“荒蛇”分别将基地迁移至海底和地下，互不相扰。然而一派和平景象下，实则危机四伏
冢本天满是高中2年生。和许多的女孩子一样，她也在恋爱。但是，她一直没能向她非常喜欢的人——同班同学的乌丸大路表白爱意。 天不佑人！她突然知道了乌丸还有1年就要转校了这件事!!尽管如此，她还是得到了妹妹——八云和友人们的协助，为了告白一会化装成护士，一会试着发出箭书……还有一个喜欢这样的天满的高中2年生——播磨拳児(是个不良少年)。虽然也是那么的喜欢天满，但是和天满一样，无法向喜欢的人传达自己的爱意，过着消沉的每一天…… 但是播磨在目击到天满和乌丸一起吃午饭后，伤心悲哀的他于是就拒绝去上学，开始了流浪的旅行……
