本剧讲述超级飞侠与超级宠物们继续乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在山东潍坊，他们帮助小宝成功放飞了巨型章鱼风筝；在菲律宾，他们通过特制音响和扩音设备，帮助一个叫利娅的女孩达成了和鱼儿交朋友、一起唱歌的愿望。尽管遇到不少困难，但超级飞侠和超级宠物们每次都会用炫酷的装备和丰富想象力的办法，圆满地解决问题。
托马斯和他的朋友们，这一季超级精彩！托马斯在中国，小火车红梅和勇宝是他的好搭档，他们都在争当邮件列车，可是，托马斯发现自己多么思念多多岛上的培西呀！做梦也梦见了他，陪他一起开过中国的长城…… 思念是美好友谊的“甜蜜负担”，这该怎么办呢？托马斯在巴西，深深地被巴图卡达这种奇妙音乐感染，爱上了巴西的嘉年华大派对，以至于他渴望自己也能发出这样的音乐，让乘客更加享受火车之行…… 这能做到吗？托马斯在意大利，和大家一起准备开挖古罗马的宫殿，却发现挖掘机艾斯特孤零零地在做另一项工作，托马斯想说服艾斯特：“我们都需要团队合作”，新的一季，托马斯带来更多有趣的朋友们，从多多岛到世界各地！小朋友，快来认识他们吧，你会学到更多！
