東京奪還編、開戦。 謎の少年・スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女・天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
托马斯和他的朋友们，这一季超级精彩！托马斯在中国，小火车红梅和勇宝是他的好搭档，他们都在争当邮件列车，可是，托马斯发现自己多么思念多多岛上的培西呀！做梦也梦见了他，陪他一起开过中国的长城…… 思念是美好友谊的“甜蜜负担”，这该怎么办呢？托马斯在巴西，深深地被巴图卡达这种奇妙音乐感染，爱上了巴西的嘉年华大派对，以至于他渴望自己也能发出这样的音乐，让乘客更加享受火车之行…… 这能做到吗？托马斯在意大利，和大家一起准备开挖古罗马的宫殿，却发现挖掘机艾斯特孤零零地在做另一项工作，托马斯想说服艾斯特：“我们都需要团队合作”，新的一季，托马斯带来更多有趣的朋友们，从多多岛到世界各地！小朋友，快来认识他们吧，你会学到更多！
