第二部里，张大勇（陶大宇饰）与李忠义这对默契排档继续与狡猾凶狠的罪犯斗智斗勇。感情方面，大勇与高婕（郭可盈饰）成为斗嘴情侣，感情稳定增长。新来的女警员蓝嘉文（郭霭明饰）单纯善良，暗恋大勇并主动示爱。令大勇和高婕的问题出现新的危机。此时，高婕发现嘉文过去曾在外国因为三角恋而放火杀人，正当要揭发这一段过去时，高婕的朋友离奇被杀。嘉文对过去的矢口否认也不像假装，大勇与高婕的误会加剧，事情的真相扑朔迷离。
宋慈（欧阳震华 饰）命犯天煞孤星，本以为就此孤独终老。然而天无绝人之路，绝境逢生的他不仅自此平步青云，当上了提点刑狱司，还娶了两位貌美如花的夫人唐思和聂枫。宋慈好不得意，以为命中天煞孤星自此破解。在携带两位夫人一起前往谭州任职途中，路经兴隆府恰巧遇上了一起凶案。兴隆府允得知大名鼎鼎的提点刑狱司宋慈路经此处，于是请他出手帮忙破案。宋慈仗义出手，岂料两位爱妻竟因此葬身火海。万年俱灰的宋慈于是辞官归隐，回乡途中所搭乘的船只又碰上了暴风雨，宋慈跌入了怒海中。 一日，松山县捕快展杰在沙滩发现了奄奄一息的宋慈，于是将他送往了当地的义庄。守义庄的阿虫（欧锦棠 饰）在偷宋慈身上的玉佩时意外令他恢复了知觉。随后，专门替死人化妆的玉珠（佘诗曼 饰）和阿虫返回时看见宋慈拿着刀走向一名女尸，以为他有什么不轨行为，于是上前阻止。原来宋慈竟是为女尸接生!于是，宋慈在松山县又开始了一幕幕精彩的洗冤实录。
“医龙”再次归来！完成了日本第一例Batista手术收入后，由朝田龙太郎（坂口宪二 饰）率领的小队就被解散了。朝田回到了难民营，继续他的国际救援。之前任职的明真大学，格局也有所变化。前小组成员伊集院登（小池彻平 饰）、里原美纪（水川麻美 饰）等虽然还留守医院，但都因医院的情况精神不佳。 这时，一封不知来历的邮件发到了前小组成员的手上。邮件的内容是希望重组医龙小队。这个信息让小组的成员都感到既兴奋又忐忑。这时一位患者被送到医院，由龙太郎适时挽救了生命。借此机会，医龙小队又再次组建，一切都朝着好的方向发展着。但朝田似乎隐隐感觉着背后有人在操纵着这些事……
