在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。 园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……
镇西侯府小公子百里东君离家出走、闯荡江湖，未曾想卷入是非漩涡，师父古尘身死、家族备受皇室忌惮，江湖的残酷展现在少年的眼前。为了寻找自己的道路、守护重要的人，百里东君随此前结交的北离八公子前往天启城稷下学堂习武。在那里，百里东君与至交好友叶鼎之相识，成为了天下第一李长生的弟子，遇到了很多后来将改变他一生的人物，开启了他的江湖传奇……
