舞台是东京新宿…… 樱花盛开的季节里，转校来到「真神学园」的迷团重重的男子「绯勇龙麻」。 就像被引导着一样，结识了剑道部的「蓬莱寺京一」，摔跤部的「醍醐雄矢」，射箭部的「樱井小蒔」，以及学生会会长「美里葵」。 他们受到突然或心活性化的《龙脉》的影响，《拥有的力量的人》觉醒了。 与此同时，同样受到龙脉影响的被叫做《鬼》的异形也出现了，并且开始了对东京的袭击。 并且，存在着使用《外法》操纵这些鬼怪的人。 为了保护东京的龙麻一行，不久又和要逃离自身的《宿星》相遇了……
宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。連邦の進軍を足止めせんとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟るのだった。ふたりは、殺し合う宿命なのだと……。
学校生活ーー それは誰もが一度は経験する かけがえのない日々。 クラスの人気者になれば 誰もが羨むハイスクールデイズを 送れると相場は決まっていた。 転入生であるうらたは 高校デビューを華麗に決めようと どきどきしながら教室の扉を 開こうとしたーーその時だった。 立ち塞がったのは 同じく高校生の志麻、坂田、センラ！ 彼らは敵か味方か、 それとも一体……！？ わくわくどきどきな 転校”青春”ストーリーが 今、幕を開けるーー！
宿命決戦を終え、平和な日々を過ごすアキナへ届いた一通の招待状。 それはヴァンガードの最強を決める大会「デラックス」への参加権利だった！ 熱き戦いの火蓋が、再び切られる！ さらに、ナオから師匠と呼ばれる男が現れ―― 「君は、何のためにヴァンガードをやっているんだ？」
