奥林匹克众神中不乏妄图统治天空、海洋、大地的野心之辈，在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。 数千年后，圣斗士刚刚结束与海王波塞冬的苦战。遥远的东方，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。哈迪斯将历次战争中死去的圣斗士复活，撒加、卡妙、米罗这些曾经风光无限的黄金圣斗士，如今披上黑光闪闪冥衣，向他们曾经守护过的圣域发起攻击……
这是一个神灵真实存在的世界，正如神话中所流传的那样，诸神在各自的领域中发挥着不同的作用。但是，逐渐的，有一些邪恶的神开始无法安分守己，他们的欲望和权利想要的到伸张，也会带来毁灭性的灾难。于是，一些有特殊能力能够杀死神灵的少年和少女们出现了，我们称他们为弑神者。 草薙护堂（松冈祯丞 配音）是一个普通的高中生，一次偶然中，他打败了军神继承了他的能力，从此，一条弑神的道路在护堂面前展开了。与此同时，少女艾丽卡（日笠阳子 配音）、巫女万里谷祐理（花泽香菜 配音）、艾丽卡的好友利利亚娜（喜多村英梨 配音）等人也都逐渐发现了自己的能力，随着战斗的深入，他们发现，单打独斗绝非正道，只有团结起来，利用优势隐藏劣势，才有可能战胜那最后的，最可怕的，也是最强大的敌人。
