上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
故事开始于戈梅拉岛上的一片森林之中，在这里，一具年轻男子的尸体被发现了，之后，一名嫌疑犯遭到了逮捕，但因为缺乏关键性的证据，最终，这名嫌犯获得了无罪判决，这桩案件也就此成为了悬案。 一晃眼3年过去，当这起悲剧逐渐被众人埋没在记忆的灰尘之下时，调查局检察官贝维拉卡（基姆·古铁雷斯 Quim Gutiérrez 饰）和他的助手查莫洛（奥拉·加里多 Aura Garrido 饰）突然被派往戈梅拉岛，重启对于案件的调查。和他们一起参加调查的，还有西班牙警队下士安哥拉达（薇洛妮卡·恩切圭 Verónica Echegui 饰），她是死者生前见到的最后一个人。
金三角地区，一群少女接受集中营式训练，混入秘密反动组织，完成不可能任务……
玄门掌门江元为救元都百姓，牺牲自己将上古妖兽飞天神猪封印于其子江五山体内。此后二十年，江五山在山村长大，却因自小长了一条猪尾巴，一直被同村人视为怪胎。某日，江五山被同村人欺辱，怒而变猪头，因此被赶出山村。怀疑自己撞邪的江五山前往元都，寻找改变自己之法。 来到元都后，原本想考入玄门的江五山虽频频遭遇失败，却意外遇到父亲当年好友钱八袋、善良泼辣的喵仙以及一票好友，找到了如家般的归属。然而，日本阴阳师的到来打破了平静，当年飞天神猪作乱因由也渐渐浮出水面。 为了好友安危，为了元都百姓，原本自卑怯懦的江五山不得不站在人前，同狼子野心的日本阴阳师一战！
