童话世界迎来了怪物和人类和平共处的新时代。但上一轮危机的始作俑者巴罗在进入黑暗大门后，被激活了身体内隐藏的神秘血脉。远古基因残存的记忆驱使巴罗去带领远古怪物们向人类复仇，巴罗彻底解开了在上一轮激战中，从黑暗大门的裂缝里逃逸出的三个怪物的封印，他们的能力苏醒，开始大肆破坏城市。猪猪侠震惊之余，得知自己的爸爸巴罗竟然是怪物的首领，决定找到爸爸，让他改邪归正。在已经走上歧途的父亲面前，猪猪侠没有选择助纣为虐，而是决定用亲情呼唤父亲的本心，终于让迫在眉睫的危机再一次消除。
在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。
秀知院学园是秀才云集的精英学校，在学生会中担任学生会副会长四宫辉夜遇见了学生会长白银御行。 原以为这两个任谁都觉得很登对的天才应该很快就会在一起，但这两人却因为过高的自尊心导致他们终没能向对方告白。 “该用什么办法才能让对方向自己告白呢？”在这场恋爱头脑战中用尽各种智慧谋略、身经百战的两人，各自在心中下了某个决心。 在秀知院学园高中部的文化祭“奉心祭”的最终日到来前，两人的恋情将会出现巨大的进展。
原島拓也、時村和樹和須賀沼大三名少年机缘巧合地获得了神奇的宝石パワーストーン，并唤醒了勇者机器人ドラン。而ワルザック共和帝国的第一王子ワルター则为了自己的野心而对三人发动了攻击，于是少年们的战斗就这么开始了。
曾经，小林三平（喜多村英梨 配音）和一位少女有着一个浪漫的约定，一晃眼十年过去，虽然两人此刻早已天各一方，但小林从未忘记过这段美好的回忆，并且时刻希望能够再度获得这位少女的音信。 某个平平无奇的早晨，当小林睁开眼睛时，却发现一个红衣绿发的机器人出现在自己的身边，机器人名叫可美克（斋藤千和 配音），它此番前来寻找小林，竟然是为了和他结婚。就这样，小林在莫名其妙之中开始了和可美克的同居生活，与此同时，陪伴在小林身边的还有他的青梅竹马牧原泉（高桥美佳子 配音）、电波少女早川美咲（钉宫理惠 配音）和搜查官黑崎凉子（白石凉子 配音）。
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看破虚假，击退伪装，终至神之奇迹。 这就是我们奇迹调查官的义务—— 天才科学家平贺，与古文书暗号解读专家罗伯特。 两人是一对好搭档，是梵蒂冈所属的“奇迹调查官”—— 那是对来自全世界的奇迹的真伪进行调查与判别的秘密调查官。 在为调查而造访的地点遇到的不可思议事件——浮现的圣痕、流泪的玛利亚像。 在判定奇迹的真伪过程中，突然发生的奇怪事件—— 天才神父组合的事件簿，开幕！
