到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望，因而举枪自杀。
在监控紧急专线时，警觉的联邦调查局探员Peter Sutherland（加布里埃尔·巴索 Gabriel Basso 饰）接听了一通电话，结果被卷入一桩牵涉白宫内奸的致命阴谋。
环保警察Eric（Marco Pigossi饰）对里约热内卢海滩上淡水海豚尸体与其妻子死亡之间联系的调查，使他意外发现了巴西民间传说中隐藏的实体世界。他卷入了两个世界的纷争，与此同时他的身世也逐渐清晰起来。 @马吉尔求唱歌
1940年，两名美国人及其盟友在马赛展开不屈不挠的救援行动，帮助艺术家、作家和其他难民在二战期间逃离欧洲。
