1999年に放映され、ダイナミックな３DCGアクションで話題を集めた「ゾイド」の第２期シリーズ。今作は格闘技をテーマにして内容を一新、“ゾイドバトル”の頂点を目指す少年の熱い闘いを描く。前作のはるか未来、惑星Ziでは巨大機械生命体ゾイドを操る戦闘競技ゾイドバトルが流行していた。少年ビットもその参加者だ。彼の夢は、いつかゾイドバトルの頂点に立つこと。強力なライバルたちと激しい闘いを繰り広げるビットだったが、やがて悪の組織の陰謀が明らかに…。
蓝星大陆遭受磁场风暴，导致环境剧变，灵气复苏。在天地灵气的滋养下，人类和动物的各项身体机能被无限激发，历经漫长的岁月洗礼，形成了灵兽和人类常年对峙，争夺生存空间的紧张局面。为了保护家园，人类不断发展科技与新型修炼体系，成立作战联盟，大力培养战斗型人才。少年凌天是初级学府琼海战校年轻一辈中的佼佼者，他拥有罕见的古神血脉，身怀神秘至宝“神脑”。一天，凌天从来自未来的助手炎灵口中，得知了三年后，大陆将面临一场重大劫难，自己也会在这场劫难中壮烈牺牲。自此之后，凌天为了人类的未来，听从炎灵的建议，决心在三年内修炼至巅峰境界，改变一切。
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
天才技师和肌肉少女的爆笑旅途。
浮云司“影子”卧底陆尘因破坏魔教降神咒受到黑火诅咒，修为尽毁。度过长达十年的流亡隐居生活后，师父天澜再度现身，交给陆尘前往昆仑派寻找魔教卧底的任务，并且为修复受损的五行神盘，陆尘奉命成为昆仑派百草堂的杂役弟子。在执行任务的过程中，他结识了诸多好友与一生挚爱易昕，逐渐感受到人间温暖，同时从种种蛛丝马迹中触及到了昆仑背后的秘密，发现昆仑禁地封印的黑龙并非邪恶魔物，而一直声称为了大义的天澜竟也另有所图。认清事实的陆尘一时迷茫，在易昕的鼓励下决定正视过去，不再拘泥于所谓正邪之分，而要遵从本心行正确之事。
六千年后，曾经鼎盛的剑士一脉已经衰落，只靠剑仙朝青秋一力撑着如今的剑士一脉，以对抗三教共十二位圣人，李扶摇身负大仇，在小国小镇说书为生，去剑山，去妖土，去佛土，在报仇之后，这才明白，整个人间都有一个巨大的骗局，为何六千年前剑士一脉会开始衰落，为何这六千年来，以及六千年前的圣人剑仙们都求不得长生？朝青秋为什么假死留在人间？佛土那盏灯笼到底是什么？妖土的那条龙又是不是天外来客？天外到底有什么？这些东西，都随着李扶摇的不断成长，一步步都被揭开。
