ゾイドとは、銀河の彼方に生息する、戦う意思を持った金属生命体である。 惑星が最後を迎え、人類は第二の故郷として地球を目指すが、ゾイド因子の暴走と不慮のタイムワープで、突如、21世紀の地球にゾイドが出現。ゾイドによる破壊と度重なる地殻変動で地球は一度滅びた。 レオは自ら発掘したビーストライガーを相棒に、地球の未来を左右する少女サリーと冒険の旅に出発した。
ホラーと戦う魔戒騎士の一人、銀牙騎士・絶狼である涼邑零は、強大な力を持った謎のホラーリングと交戦するも敗北してしまう。番犬所はそんな零に、女でありながら魔戒剣を振るうユナと、自らを天才と嘯く魔戒法師のカインと組むように指示する。気の進まない零であったが、ユナとリングの因縁、そしてリングの思想を知る内に彼らと共に戦う決意を固めてゆく。
伝説の竜の卵を求めてある街を訪れた尋海アリスは、ホラーに襲われそうになったところを、銀牙騎士ゼロこと涼邑零によって救われる。それ以来、零に興味を持ったアリスは彼に付きまとう。零はアリスをやり過ごしながらもこの街でホラーを討滅し続けていくが、やがて人間を憎悪する竜騎士エデルが復活したことから、竜を巡る戦いに巻き込まれることとなる。
