故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
ホラーと戦う魔戒騎士の一人、銀牙騎士・絶狼である涼邑零は、強大な力を持った謎のホラーリングと交戦するも敗北してしまう。番犬所はそんな零に、女でありながら魔戒剣を振るうユナと、自らを天才と嘯く魔戒法師のカインと組むように指示する。気の進まない零であったが、ユナとリングの因縁、そしてリングの思想を知る内に彼らと共に戦う決意を固めてゆく。
伝説の竜の卵を求めてある街を訪れた尋海アリスは、ホラーに襲われそうになったところを、銀牙騎士ゼロこと涼邑零によって救われる。それ以来、零に興味を持ったアリスは彼に付きまとう。零はアリスをやり過ごしながらもこの街でホラーを討滅し続けていくが、やがて人間を憎悪する竜騎士エデルが復活したことから、竜を巡る戦いに巻き込まれることとなる。
