在爱迪·奥特曼离开地球后的25年，人类终于渡过了名为“怪兽频出期”的恶梦，时间飞逝直到当一次怪兽袭来时，地球的全新防卫队CREW GUYS JAPAN队只剩一人幸存。 在此同时，被奥特之父派遣来地球的宇宙警卫队新人梦比优斯·奥特曼来到了地球，并化身成“日比野未来”，与其他新加入的GUYS队员们，一同展开与怪兽决斗的战役。 并透过未来的角度，描述了历代超人战士保卫着地球的过程，GUYS队员们的羁绊及梦比优斯自我成长的故事。
从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被捲入了这场争斗的漩涡中。就像凯特的遗言一样，崭新的雷奥尼克斯格斗已经开始了！？
已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。 『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。 他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。 正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。 而原因却不明…… 不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前出现了巨大的身影…… 那是以前在地球出现过，但是大部分人认定现在已经灭亡了的怪兽！！！ 就在同一时刻 出现了能够驾驭怪兽的青年——（レイ）零 他到底是什么人？ 想象一下！激烈程度达到顶点的战斗就要开始了──！
