时间来到2242年，一心想成为漂泊者的奏多遇见了诺娃，一名失去记忆的无用贤士。 然而，因为诺娃成功地击败终结者，奏多与她成为搭档后，他才明白成为出色漂泊者所该具备的确切条件。
故事发生在一个人妖共存的年代，传说中只要人类妖怪一起努力修行，就会到达无邪的境界，共升极乐。可是总有一些人，一些妖怪，因为自己的贪婪和欲望，而走上邪路。我们的主人公小鲤为了变成真龙，踏上了为100个人实现愿望的旅途，结果一出山就遇到了一个不捉到她誓不罢休的除妖师秋水。小鲤为了摆脱秋水，一路躲避，抗争，拜师，学艺，惹祸。交到了很多新朋友，遭遇了很多危机，增长了很多智慧，似乎不知不觉间也和秋水产生了一些微妙的友情。缘分这种事情啊，谁又能说清呢？就像女娲娘娘造人类和妖怪的时候，为什么要把善良和邪恶都放进他们的灵魂里呢？也许这一切都是考验，也许一切都是走向无邪的引导。
冰皇海波东曾经是一位冷血的杀手，接到雇主的任务前往沙漠寻找一名蛇族蛇女，在带回蛇女的时候发现蛇女已经失忆。在此期间海波东了解到蛇族同样在寻找这名失忆的蛇女，同时还遇到了一位神秘黑衣蛇人与她多次交手最终被其所重伤。海波东为了完成任务，带着重伤将蛇女带到自己的藏身之所治疗伤势，一路上遇到了各种危险……
本片故事内容以单元剧为主，在每一集中，主角乐迪都会飞往世界各地不同的区域，为有需要的小朋友递送包裹，而观众将跟随乐迪穿梭于世界各地，看超级飞侠们运用各自的过人能力，帮助各个小朋友们解决困难。与此同时，本片中还会呈现世界各地的文化特色，如当地的常用语、了解当地有名的美食、独有闻名的运动项目、有趣的风俗习惯等。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
故事依旧围绕斗龙战士的冒险、友爱、热血的战斗精神展开叙述，通过宝贝龙拍档和原始恐龙之间的经历和磨炼，以及斗龙战士之间的情感变化，多角度的弘扬斗龙精神，让孩子们体会成长中遇到的挫折和变化，让人类向原始恐龙学习来自原始恐龙世界的美德，共同为创建人类更美好的未来而努力。
