因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
在“幻影帝国”的猛烈进攻中的地球，光之美少女是世人共识的存在，人们不时从新闻中解了各小队所属的国家战斗。成为了‘最坏兽’攻击目标的“蓝天王国”公主----白雪 姬，在一次侵略之中逃到日本，在逃亡的过程中遇见了地球的守护神“蔚蓝”。蔚蓝赐予她成为光之美少女的使命，不过孤僻的小姬对于这份使命感到极为恐惧，于是她选择了逃避。蔚蓝于是再给予小姬一份称为“爱的结晶”的力量，让她能够寻找命运中的同伴。怕生的小姬真心想交到朋友，却不知道如何运用结晶，结果只想着“这个砸到的人就是我的朋友!”就把它丢了出去。就这样，「爱的结晶」砸中了人生中第一个朋友与伙伴－－爱乃 惠。
