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　　《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查，发现是由人类未知的技术制造的物体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器：Personal Trooper的研究开始了。

　　表面看来，江藤兰世（原荣里子 配音）只是一个普普通通的女孩子，可实际上，她出生在一个不得了的家庭之中。兰世的父亲望里（安原义人 配音）是一名吸血鬼，而母亲椎罗（小原乃梨子 配音）拥有着狼人的血统，这也就意味着，兰世既有可能继承父亲的血统成为一名吸血鬼，也可能成为狼女。只是血统的差异至今还没有在兰世的身上显现出来。
　　兰世终于能够上学啦，在学校里，兰世遇见了名为真壁俊（水岛裕 配音）的男生，情窦初开的她瞬间坠入了情网。哪知道同班女生神谷曜子（富永美衣奈 配音）也一直暗恋着真壁俊，两个女生之间产生了激烈的竞争，兰世的特异能力亦在矛盾之中被激发了出来。

1945年，第二次世界大战由于黑月与幻兽的出现而意外终结。50年过去了，曰本仍然持续着与幻兽的激烈交战。                                                                      　　远离战场前线的青森尚未出现过幻兽。毕业于东京军官养成学校“振武台”的精英女士官石田来到青森就任第108警护师团第4中队的中队长。可是在这个毫无实战经验的中队里，大部分队员都散漫松懈。就在这个时候，幻兽突然出现。在石田的指挥下，第4中队全体出击，可是第一次面对幻兽的队员们，他们采取的行动却令人意想不到……

1913年，湖南长沙，毛泽东以第一名的成绩考入了湖南第一师范。五年师范生涯、动荡的时局，尤其在反对袁世凯签订“二十一条”条约复辟称帝的斗争中，一师孔校长被迫逃往日本，面对残酷现实的毛泽东，对教育救国与改良主义信仰产生了动摇！

　　这部宏大壮阔的奇幻剧以电玩游戏DOTA2宇宙为本，主角是赫赫有名的龙骑士达维安，他致力扫荡全世界的恶势力。过程中，他遇上了渊源悠久的强大上古龙族，并结识有着秘密任务的米拉娜公主，从而卷入远超乎他想像的重大事件。

　　所谓的“虫”，是一种超越了科学解释范畴而存在的邪恶生物。它们专门附身在心怀梦想的少男少女身上，令他们拥有能够使用超能力的特异功能，政府称他们为“附虫者”。当附虫者们为了完成自己的梦想而使用超能力时，便会在社会中制造出许多怪异的景象，引起市民的恐慌。                                    
                               　　为了应对附虫者的存在，政府设立了名为“特别保护环境事务局”的机构，该机构负责监视附虫者，以及消灭虫，而身上的虫被消灭后，附虫者则会变为“缺陷者”。讽刺的是，在机构中供职的人们，他们本身亦是附虫者。在不断地和虫战斗的过程中，他们也在一步一步地接近他们的梦想。

　　与父亲生活在森林的少年铁剑，想成为天下第一剑士。在一次偶然中，他被大猩猩追击无意间到达城市，与被“剑”的魔力影响而成为鬼的高中生剑道高手鬼丸猛产生斗争，开启了寻找“剑”的旅途。