位于东京御台场，拥有自由校风和多项专科的人气高中「虹咲学园」。对学园偶像的魅力感到心动的普通科2年级高咲侑，和儿时玩伴上原步梦一起敲响了「学园偶像同好会」的门。 有时作为对手，有时作为同伴，胸怀各自的心意，每天展开活动的成员们。「如果能够为追逐梦想的人加油的话……。」9名与1名少女所编织的，第一次的「大家实现梦想的故事（School Idol Project）」。传达到吧！我们的心动——现在，再一次追逐梦想吧！
故事发生在大陆历一六零四年，持续了三个世纪的漫长战争终于画上了终点，整片菲尔毕斯特大陆哀鸿遍野，满目疮痍。托鲁（间岛淳司 配音）和阿卡丽（原优子 配音）虽然没有血缘关系，却结为了义兄妹，两人相互扶持经历了残酷的战争，彼此之间结下了深深的羁绊。 战后经济十分萧条，而托鲁又是一副得过且过大大咧咧的懒惰性格，虽然阿卡丽一直在艰难的维持家中的生计，但生活却并没有什么改善。终于，断粮的危机降临了，无奈之下，托鲁进入了森林想要找点吃的，然而，在那里，等待着他的却是一位名为嘉依卡（安济知佳 配音）的神秘银发少女，在他们相遇的那一刻，命运的齿轮开始了它的运转。
这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。 人的细胞数量，约为37兆2千亿个。 细胞们在名为身体的世界中，今天也精神满满、无休无眠地在工作着。 运送着氧气的红细胞，与细菌战斗的白细胞……！ 这里，有着细胞们不为人知的故事。
小埋，复活！在房间无限展开的宇宙，再临……！ 在外人人称羡的才色兼备“美妹”，一回到家，就变身成不为人知的一心犯懒“干物妹”……！？极尽无所事事之能事的干物妹小埋，一手可乐一手薯片，沉浸于漫画、游戏、动画、网络……，将一同生活的哥哥太平放置在旁，忠于欲望向前突进！和同班同学海老名、切绘、希尔芬的关系也逐渐加深，小埋的日常变得越来越热闹！！！ 小埋的最强、最棒的日常，再次开始！
土间埋（田中爱美 配音），校园中女神一般的存在，成绩优异体育万能，个性温柔正直善良，然而，只有她的哥哥太平（野岛健儿 配音）知道，众人眼中光芒万丈的小埋，在进入家门的那一刹那，就会瞬间变成披着仓鼠斗篷，满地打滚，除了吃就是睡和玩的超级干物女。 海老名菜菜（影山灯 配音）是小埋的好友，两人住在同一间公寓中，常常和太平以及小埋一同吃饭。本场切绘（白石晴香 配音）在无意之中捡到了小埋的学生证，于是一路找到了小埋家。橘（古川由里奈 配音）将在学校中视小埋为最强劲的对手，却在没有认出小埋的情况下和她成为了好友。最终，这些女孩子们是否会发现小埋的真实身份呢？
小唯跟真中是青梅竹马，比真中稍小一岁，距今五年前搬离真中家隔壁，在国三的时候回来准备考樱海学园，在自己的努力跟东城的协助下，成功考入，并寄住在真中家跟他同睡一间，因有裸睡的习惯，后被其父发现，造成极大风波。小唯的个性天真活泼，十分信任和依赖真中，不过身材跟脸蛋仍为小孩模样，这也是小唯吸引人之处，小唯虽然为四女主角之末，不过，多半是作为真中跟小司跟小绫的交集点，并未确实的加入战争。小唯为独生女，父亲十分严厉，母亲倒是开明许多。
真中淳平，梦想成为电影制片人，一天放学后在学校楼顶遇见一位穿草莓内裤的美少女，见到她在夕阳下的美丽身影，淳平顿时迷恋上了她。淳平错以为那位美少女定是校花西野司，在偶然的机会下淳平和相貌平平的东城绫聊上话，并且听从小绫的建议，以出人意料的方式向西野司告白，意外地获得小司的芳心。可是由于和小绫能够彼此谈论梦想，淳平非常珍惜他和小绫的关系，心情犹豫不决…… 1、恋爱开始了 2、夜雾的岚泉祭 3、海学院大逃亡 4、舒适旅馆危机-小心店主 5、捉摸不透的心
一次偶然中，真中淳平（铃村健一 配音）在学校的天台上发现了一位身穿草莓内裤的陌生少女，凭借着草莓内裤这一重要信息，被少女美貌迷住的淳平决心在茫茫人海之中将少女找到。功夫不负有心人，淳平终于将目标锁定在了名为西野司（丰口惠美 配音）的校园偶像身上，然而，她真的就是当初那位少女吗？ 原来，少女真正的名字叫做东城绫（能登麻美子 配音），不知真相的淳平却也渐渐的被东城所吸引，可惜此时的他已经和西野确定了恋爱关系。文化祭即将到来，淳平决定拍摄一个短篇作为作品，东城、北大路五月（小林沙苗 配音）、南户唯（水树奈奈 配音）等好友亦来帮忙，在准备作品的这段日子里，一段充满了纠葛的感情在这些人之间展开了。
憧憬着皇帝，向不败的三连冠冲刺的马娘东海帝皇，以及背负着名家的荣耀，向天皇赏连霸发起挑战的目白麦昆。二人既是对手，也是伙伴，一同向着梦想——「闪光系列赛」的优胜，全力奔跑！
故事将以赛马娘们与练马师梦寐以求，一生只能挑战一次的经典三冠比赛皋月赏、日本赛马、菊花赏为主题，描述成田路、爱慕织姬、好歌剧等被称作三强的赛马娘，将抱着绝不认输的思绪，朝着顶点进发。
一路寻找寄宿家庭的心爱不小心迷了路，误打误撞之中，她来到了一间名为“Rabbit House”的可爱咖啡馆之中，在这里，心爱结识了名叫香风智乃（水濑祈 配音）的神秘少女，这位面无表情态度相当冷淡的少女之后将成为心爱生命中十分重要的存在。原来，这间咖啡馆正是心爱正在寻找的寄宿地，在这里，她将以半工半读的形式度过她的高中三年，在此过程中，心爱渐渐发现了智乃不为人知的一面，亦开始了解这间咖啡屋的前世今生。
