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故事发展到第三季，莱侬（玛格丽塔·马祖可 Margherita Mazzucco 饰）终于走出了贫民窟，学有所成的她不仅成为了德高望重的教授，还出版了自己的第一部小说。在和出身名门的皮特罗（马特奥·切基 Matteo Cecchi 饰）结婚之后，他们很快就有了孩子。直到第一个孩子出生之后，莱侬才渐渐发现婚姻带给女人的束缚和摧残，在她和皮特罗的感情岌岌可危之时，尼诺（弗朗西斯·塞尔皮科 Francesco Serpico 饰）的再度出现成为了压垮这段关系的最后一根稻草。                                                                      　　那边厢，莉拉（盖娅·吉拉切 Gaia Girace 饰）终于摆脱了工厂对于她的压榨，要回了本该属于自己的钱。带着儿子，她和恩佐一起搬回了曾经如同噩梦一般困住了她的旧城区，此时，这里的势力格局已经发生改变，即便是曾经的敌人，如今也有了合作的可能性。

　　据福斯电视部门老大加里·纽曼透露，新一季《X档案》可能因主演档期问题，延后至2018年底或2019年播出。但有望由上季的6集扩充至10集。作为经典剧集，《X档案》一直有着一批忠实粉丝。 即使在停播了14年后，于2016年初播出了全新的故事，首集便吸引到1350万观众收看。

　　谁也不曾想过，七十年前那期神秘的罗斯威尔事件，时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌，即使它就在那里。某天，过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们，希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机，关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德，在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。
　　而这一路上，层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来，将相继呈现在他们的眼前……

　　Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。

　　穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢而散。
　　调查局发现穆德的单位密码和信用卡在失踪后的几天都有使用纪录，甚至发现了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特认为穆德假装失踪，以便盗取资料独自调查。案情愈加扑朔迷离……

　　Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。

　　在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

　　继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。

　　到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望，因而举枪自杀。

　　FBI Assistant Director Walter Skinner is the prime suspect in a homicide involving a woman he was with the night of her death. Mulder and Scully are all he has to prove his innocence, as superior officers try to shut him down and the only clue is a mysterious old woman.