前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!
涼花が昼寝から目を覚ますと、「絶対にマンションから出るな」という母からのメッセージが……。 知らぬ間に、どうやらマンションは誰も入ることのできない“監禁区域”になっていた。 主人公の女子高生・涼花は、封鎖されたマンションから脱出するため、謎の未確認生命体“X”（サイ）と対峙することに。 ループする絶望の中で活路を見出し、涼花は無事家族のもとへ帰れるのか……！？
