Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
告别身宗后，星罗班渡海抵达京剧猫十二宗之一“步宗”。大家都对步宗所知甚少，白糖等猫只得抱着种种疑问，踏入了步宗的地界，步宗地势荒芜，环境恶劣。路途上，不但要解决与新成员“海漂”之间的矛盾，更误入荒漠，遭遇沙暴，面对猫型铠甲“异武铠”的追逐与猛攻，因物资尽毁而陷入了生死存亡的危机之中！所幸星罗班临危之际团结一致，更得神秘猫“沙无痕”从中相助，才得以在荒漠中的“笼门客栈”落下脚来。
平凡的打工人裴谦意外绑定财富转换系统，给了他花钱经商，重来人生的好机会。然而系统规定盈利一百才挣一块，亏钱却能全落自己腰包。为了亏钱，裴谦选择了风险高，烧钱快的游戏行业，故意制作了一款款违背市场规律的“另类”游戏，却一次次意外走红，挣得盆满钵满，痛苦地成为了众人眼中崇拜的“商业奇才”，可只有裴谦心理清楚，我真的只想亏钱啊．..
大一新生常胜阴差阳错，来到了0号宿舍。幻想中的美好校园生活并没有如期而至，三个万年不毕业的室友却如噩梦般降临：贪财的黑猫艾迪森、易怒的浣熊贾英雄以及古怪的刺猬阮翔，常胜就此跌入万丈深渊。四个伙伴在一起，惹麻烦、搞事情，有笑有泪，同甘共苦。究竟纯洁的常胜会不会实现自己的梦想？三个“怪咖”会不会心向阳光，找到人生的意义与方向？
故事发生在风景如画的北海道小樽市，性格胆小懦弱的千濑（折笠富美子 配音）喜欢上了稳重可靠的修次（石母田史朗 配音），鼓起勇气告白之后，两人走到了一起，并且开始交换日记。 某日，神秘的敌人出现在了札幌市，紧接着到来的是猛烈的攻击，从空袭之中侥幸逃脱的修次看到空中漂浮着少女的身影，她有着钢铁的翅膀和巨大的机械手臂，正在和敌人进行着殊死战斗，令修次怎么也无法相信的是，这名少女正是千濑。原来，千濑被日本军方改造成为了强大的人体兵器，用来和敌人作战，而随着身体的不断改造和能力的不断增强，千濑的精神和肉体都来到了崩溃的边缘。
