一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。 这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警诞生了！！ 与此同时，那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……
住在依靠音乐振兴的地方都市的高中生·歌苗和奏助的面前，出现了贝多芬和莫扎特！自称为“Classicaloid”的可疑二人组所演奏的音乐“Musik”中有着奇妙的力量……星辰降落、巨大机器人出现，每天都引发骚动！之后，巴赫、肖邦、舒伯特等Classicaloid接连出现。他们的力量中隐藏的巨大谜团究竟是？Classica Loid究竟是人类的朋友还是……？！
幕末时代的长州藩为舞台。天下名门萩明倫馆的学生·石垣直角，和直角的家人、朋友之间展开的痛快古装喜剧
