年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。 几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
这是个草食动物与肉食动物共存的世界。 雷格西与食杀同学的凶手激战后，决定退学并独自入住伏兽公寓。路易进入一所知名大学就读，打定主意要好好面对父亲奥古玛。哈鲁试着享受校园生活，但也有诸多挣扎要克服。与此同时，城市里的食杀事件频传，在幕后操纵一切的残忍杀手盯上雷格西与朋友们，邪恶魔爪正步步逼近……
