第二季接续第一季的剧情，讲述了因诞下怪胎太子被幽拘的钟无艳与齐王的感情从冷漠到冰释前嫌再到重拾恩爱的关系转变；又从个人情感升华到家国大义，展现了内部朝堂波云诡谲外围战局跌宕起伏的紧张局势。不论是飞醋争宠的后宫还是泼天阴谋的前朝抑或是敌国来势汹汹的兵临城下，且看传奇娘娘钟无艳如何霸气化解！
讲述开锁师何初逢、鉴定师洛宾和实习律师隋意，共同租用“野兽”中古店生活和工作。三人常被卷进笼罩着迷雾的各色事件中。在解决事件的过程中，几人依靠彼此专业的力量找出真相，也遇到更大试炼，但最终几位年轻人还是在相互扶持之下治愈了彼此。初逢渐渐被阳光的隋意所打动，而洛宾也对后来加入的神秘客人小安一见钟情。
正德十六年，武宗驾崩，朱厚熜即位，建元嘉靖。李言闻被封为太医院吏目。 李言闻好友吴药师因治错小郡主的病，被关入牢中。吴药师临终托孤，将女儿吴斯语许配给李时珍。 长大后李时珍进阳明书院学习，和荆王府世子朱成翊成为同学。朱成翊希望拉拢李时珍为自己所用，却被李时珍严词拒绝。朱成翊遂与李时珍成了死对头。 李时珍偶遇一个美丽的少女朱苌葶，却发现她脉象异常，命不久已。李时珍给她治疗多年顽症，两人产生爱慕之情。一次偶然的机会，李时珍发现少女居然是荆王府郡主。 李时珍希望能考取功名，得个一官半职，与苌葶也不是不可能。朱成翊得知李时珍赶考，便派人买通主考官。 李时珍被考官诬陷舞弊，赶出考场。李时珍心结郁积，一病不起。 苌葶暗中派人送信与李时珍商量私奔，得不到任何回应，失望之余病情加重，也卧倒不起。荆王急忙下令要李言闻替女儿看诊，可是李时珍命在旦夕，李言闻根本无法离开。危急时刻，斯语出面坦承自己的药膳是治疗郡主的关键，立下生死状，进入荆王府救治苌葶。 成翊要求斯语留在自己身边，在王府享受荣华富贵，被斯语拒绝。 李时珍终于和斯语完婚，并且跟随父亲正式开始行医。 李时珍经过几轮考试，终于进入太医院。 此时朱苌葶拜道士陶仲文为师，整日沉迷于炼丹食丹不能自拔；而蓝行义则和已成为杨妃的杨雪英勾结，利用所学医术，在后宫兴风作浪；朱成翊也来到京城，和严世蕃勾结一气，贪淫无道；景王和裕王争夺太子之位，严嵩和徐阶两派政治斗争激烈。李时珍卷入这波澜诡谲阴谋重重的宫廷斗争之中…… 李时珍发现苌葶体内有铅中毒的迹象，于是劝解苌葶暂停服丹，苌葶不听，两人发生激烈争执。 李时珍向嘉靖进言，请求皇上别再服食丹药，嘉靖大怒，驳回他重修本草的提议。嘉靖吃了苌葶进献的长生不老丹药，忽然病重晕倒。严嵩父子趁机把责任推到李时珍身上，将其下狱。 郡主查出其实始作俑者是朱成翊和严世蕃采办回来的假鹿茸。严世蕃将朱成翊推到前面成为替罪羊。嘉靖将朱成翊斩首，荆王痛失爱子。 李时珍终于进入太医院禁地查找武宗之死的真正原因，他发现武宗之死竟是一个巨大的阴谋，而且与嘉靖有关……李时珍为华南洗冤昭雪的想法成为泡影。 郡主积毒已久，终于身亡。李时珍心灰意冷，萌生去意。他将全部精力投入到修本草上，希望从此人们能辨别真伪，世间不再有假药害人。 李时珍回到蕲州，风餐露宿，亲身试药，为修本草收集第一手资料。 当年的倭寇小藤以商人身份来找李时珍拜师学医。李时珍见其诚恳，收留了他。小藤发现《本草纲目》书稿，顿生贼心。他趁李时珍不备，偷走书稿。斯语阻止小藤，虽保住了书稿，但不幸被杀害。李时珍悲痛欲绝。 万历十四年前后，《本草纲目》编写完成，王世贞答应为该书写序。万历接到王世贞的上疏，下令让李时珍进京献书。可正当李时珍准备动身之际，蕲州附近开始流行“天花”，李时珍决定暂不进京，赶赴疫区为百姓治病。剧照图册2(11张) 在李时珍等人的努力下，“天花”得到控制。可李时珍自己却因过度劳累病倒了。临终时，李时珍嘱咐建元将《本草纲目》进奉于朝，福泽天下后世。在幻觉中，李时珍仿佛看到《本草纲目》被进奉给皇上的情景。 三年后，李建元将《本草纲目》进献给神宗。 神宗派使者将《本草纲目》送往日本、朝鲜等地，使我中华文明福泽世界。
