金世遗一位生逢乱世的天涯孤客，亦正亦邪，人称“毒手疯丐”他处身于瞬息万变的江湖上，目睹的倾覆杀戳，被牵涉进朝廷的旋涡里，同时也被卷入武林中的大风暴，魔头和正道盟主之剧战。故事开始，明世宗为巩固朝廷政权，也为报父武宗之仇，向江湖武林人士进行迫害，利用武林盟主唐晓兰传位之日，暗中挑起江湖纷争，金世遗洞悉世宗之谋，欲向唐揭露之，唯唐因不欲武林大动干戈，惹怒世宗，不理金之提示，金独断独行，向武林正邪两派展开挑战，惹来不休止的江湖恩怨。
清康熙年间，一场‘拳倾天下’武术大赛上，代表满人的鳌飞﹝郭政鸿﹞与代表汉人的谭天﹝元华﹞势均力敌，惜天于比赛时遭人陷害而惨败，其父气愤过度吐血而死，天成众矢之的，变得懦弱悲观。为完成父之心愿，天开办武馆寻找传人，先后收京城捕快马不平﹝魏骏杰﹞及孤儿罗喜﹝唐文龙﹞为徒。两人后来更与天之妹谭雪﹝吴文忻﹞展开一段微妙的三角关系。 飞一直对天有所顾忌，得知他已得传人，遂命令好友平暗杀天。平不忍下手，故意将事情张扬，引起了康熙的关注。飞见事败，对平多番加害，又揭发喜为满人之身份，使其黯然离开天。飞结识汉族女子朱震南﹝梁琤﹞，两人互生情愫，并发展一段地下情。南为飞不惜与父决裂，助其暗杀朝中敌人，惜事败被擒，飞为求自保，竟然痛下毒手....
最终话里两人许下了爱的誓言，海音回到了大海里。三年后出现在伦太郎面前的会是……？
本剧集故事承接第一部剧情，讲述汉武帝刘彻（黄晓明饰）经过五年执政后进入他实施雄才大略阶段的故事。已坐稳皇帝宝座的刘彻，此时却触景生情，感慨当年亲如手足的兄弟们多已不在人世，唯一仍在人世的李勇（杜淳饰）却陷落匈奴手中，东方朔也一去不复返。 历经千难万险寻找李勇下落的秋蝉（刘芸饰），终于在匈奴找到他时却发现他已与匈奴公主成婚。汉武帝微服出游，邂逅长相酷似已逝的陈阿娇的歌伎李娃（何佳怡饰），不禁怜爱有加。不久李娃入宫成为刘彻的新宠。然而已为皇后的卫子夫（宁静饰）却预见陈阿娇的前车之鉴又要重演。汉武帝派汲黯（杨洪武饰）去寻访东方朔，无意间遇见了怀才不遇的狂士主父偃（王刚饰），认为是奇才，遂力荐主父偃入宫辅佐汉武帝。汉武帝听信谗言，将卫青（董勇饰）的兵权交给霍去病（李立饰）。
叛逆马来西亚富二代陈许嘉，在游戏《黑神话·悟空》中看到了一座高塔似曾相识，得知这是福建泉州的开元寺，由此开启了一场寻根之旅。在泉州，陈许嘉遇到了学识渊博但社恐温吞的菜鸟导游林期期。陈许嘉成为林期期的客人，却为了神秘的“簪花姑娘”跑单。二人因一场乌龙相识，也在不断反转的误会之后认清了对彼此的真心。曾祖父的遗物中那张簪花女的背影照片是何身份?意外得到的曾祖父信件里藏着怎样惊人的秘密?真相大白之际，陈许嘉突然不告而别。危难时刻，他想起了林期期和泉州的簪花......
