故事发生在一间名为“仁华”的医院之中，出身卑微的叶春萌（白百何 饰）凭借着自己的努力和奋斗，过五关斩六将，最终成为了医院中的一名实习医生，这得之不易的工作机会和医院中严格残酷的淘汰制度让好强的叶春萌承受着巨大的压力。 周明（陆毅 饰）是叶春萌的导师，在医院里，他的腹黑和毒舌无人不知无人不晓，尽管周明一向待叶春萌十分苛刻，言语也并不客气，但他的内心里其实十分敬佩这个刻苦认真的小姑娘，一来二去之间，身份地位悬殊的两人产生了感情。在同为实习医生的陈曦（江疏影 饰）和白晓菁（张子萱 饰）之中，叶春萌始终觉得自己低人一等，残酷的职场之中，她能否克服心中的自卑，奋斗出一个光明的未来呢？
宋慈（欧阳震华 饰）命犯天煞孤星，本以为就此孤独终老。然而天无绝人之路，绝境逢生的他不仅自此平步青云，当上了提点刑狱司，还娶了两位貌美如花的夫人唐思和聂枫。宋慈好不得意，以为命中天煞孤星自此破解。在携带两位夫人一起前往谭州任职途中，路经兴隆府恰巧遇上了一起凶案。兴隆府允得知大名鼎鼎的提点刑狱司宋慈路经此处，于是请他出手帮忙破案。宋慈仗义出手，岂料两位爱妻竟因此葬身火海。万年俱灰的宋慈于是辞官归隐，回乡途中所搭乘的船只又碰上了暴风雨，宋慈跌入了怒海中。 一日，松山县捕快展杰在沙滩发现了奄奄一息的宋慈，于是将他送往了当地的义庄。守义庄的阿虫（欧锦棠 饰）在偷宋慈身上的玉佩时意外令他恢复了知觉。随后，专门替死人化妆的玉珠（佘诗曼 饰）和阿虫返回时看见宋慈拿着刀走向一名女尸，以为他有什么不轨行为，于是上前阻止。原来宋慈竟是为女尸接生!于是，宋慈在松山县又开始了一幕幕精彩的洗冤实录。
“医龙”再次归来！完成了日本第一例Batista手术收入后，由朝田龙太郎（坂口宪二 饰）率领的小队就被解散了。朝田回到了难民营，继续他的国际救援。之前任职的明真大学，格局也有所变化。前小组成员伊集院登（小池彻平 饰）、里原美纪（水川麻美 饰）等虽然还留守医院，但都因医院的情况精神不佳。 这时，一封不知来历的邮件发到了前小组成员的手上。邮件的内容是希望重组医龙小队。这个信息让小组的成员都感到既兴奋又忐忑。这时一位患者被送到医院，由龙太郎适时挽救了生命。借此机会，医龙小队又再次组建，一切都朝着好的方向发展着。但朝田似乎隐隐感觉着背后有人在操纵着这些事……
