该剧描写了惠能自公元638年在岭南新州出生，从一个目不识丁的樵夫成为中国杰出的思想家，哲学家的传奇故事。他历经坎坷，在湖北黄梅拜师，又在广东的深山老林和猎人生活了15年。惠能勤奋向上，善于思考，自强不息，倡导和谐。在中国思想史留下了珍贵的财富。
民国初年，草医文氏因治愈阎旅长之疾而上京并得以重用。进京后，以“以惊治惊，怪招迭出”的方法治愈了众多百姓和达官贵人，从而创建三块堂，得名“文三块”。得到了百姓爱戴的同时，文三块也触动了同行的利益，并与于世勋、张宗瀚和焦二爷等结怨，遭到了多次陷害，最终倾家荡产。 几经周折，文三块治愈了焦夫人，焦二爷感恩，并与于世勋等反目。历经艰难，三块堂重新开张。 挣扎在功名与世俗泥潭中的文三块因一次失败的救治，领悟到自己的浮躁和功利，开始了人生的反省，与依旧钟情他的紫玉再续前缘。 北洋政府垮台，七七事变爆发，至抗战胜利，心中满目疮痍已六十载的文三块化解了晚辈的矛盾，携紫玉离开京城，再渡行医与人生的新旅程。
许德（林家栋 饰）是智能尊者在许下了“地狱未空，誓不成佛”的愿望后投胎转世而来，许德和名医孙女凤（陈妙瑛 饰）两情相悦，而文瑞公主（汤盈盈 饰）亦为许德的才情所倾倒，命他考取举人。许德拒绝了文瑞公主的命令，惹恼了后者，并且直接导致了孙女凤的死亡。 伤心的许德在老布袋（秦煌 饰）的建议之下出家为僧，希望能通过自己的善举使孙女凤重生。在此过程中，太宗（张兆辉 饰）受到了许德的感化，文瑞公主更是忏悔了自己的罪行，出家为尼，谁知许德的种种举动使太后（白茵 饰）大为不满，导致魔僧昊天（单立文 饰）在人间为非作歹，涂炭生灵。
二十世纪初的中国，民生凋敝。作为没落贵族的金玉蓉立志成为一名救人济世的医生，用自己的双手去帮助更多的人。她遇到了同样心怀苍生的大家族之子赵正南。两人从相识、相知再到相爱。他们也努力地探索着让这个世界变得更好的方式。历经种种磨难，玉蓉终于成为了悬壶救世的医生，赵正南也成为了拥有进步思想，守护一方的军人。但时代的洪流让她们不得不分离，两人最终天各一方。正在玉蓉感到人生幻灭，陷入低谷时，共产主义信仰照进了她的世界，玉蓉渐渐涅槃重生，全身心投入到革命事业中，成为革命的隐形守护者。历经种种险阻后，这对有情人终成眷属。在玉蓉的感召下，赵正南也最终成为红色浪潮的一份子，携手抗日，共同拥抱崭新的中国。
