五千年前，对于修行有着无数憧憬的少年，却因体质特殊而无法突破炼体期，进入下一个修炼境界。 他从远古神话时代一直修炼到了现代社会，站在繁华都市中，炼体期九万九千四百四十二层的轩辕铭。 给自己定了一个小目标：先修炼到炼体期十万层！
收服十万年前的诸天大佬们为徒，并拯救她们，修复崩坏的时间线，高冷道尊带女徒弟们开启冒险旅程。
冰皇海波东曾经是一位冷血的杀手，接到雇主的任务前往沙漠寻找一名蛇族蛇女，在带回蛇女的时候发现蛇女已经失忆。在此期间海波东了解到蛇族同样在寻找这名失忆的蛇女，同时还遇到了一位神秘黑衣蛇人与她多次交手最终被其所重伤。海波东为了完成任务，带着重伤将蛇女带到自己的藏身之所治疗伤势，一路上遇到了各种危险……
本片故事内容以单元剧为主，在每一集中，主角乐迪都会飞往世界各地不同的区域，为有需要的小朋友递送包裹，而观众将跟随乐迪穿梭于世界各地，看超级飞侠们运用各自的过人能力，帮助各个小朋友们解决困难。与此同时，本片中还会呈现世界各地的文化特色，如当地的常用语、了解当地有名的美食、独有闻名的运动项目、有趣的风俗习惯等。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
围绕桃夭、柳公子、磨牙一行在京师的游历，展示了人与人，人与妖之间的距离或许并没有想象中的那么难以逾越。无论是桃夭与丁三四的互动，还是老张带给柳公子跨越人生和厨艺的指点，亦或是磨牙面对傒囊时的左右为难，都让一行人各自获得新的成长。而同时，封无乐，陈白水等人也获得各自的救赎 ，或许人生旅途就是这般互相影响，五味杂陈。
万物有灵。能够召唤万物之灵的人，被称为召唤师。召唤泥土，召唤枯骨，召唤灵魂，召唤星辰…自古以来，召唤师的传说深藏在每一段历史当中，但终究还是被时间封印，被世人遗忘。新的时代，少年觉醒！立志成为拉面王的阿杰无意中召唤出了女神朵拉，从此走入召唤师的世界。一路上，他集结了稀奇古怪的同伴，合力对抗神秘的“毁灭者”组织。在一次次的战斗和冒险之中，少年们能否掌握自己的命运，发掘出世界的真相？
该季讲述了，拥有“武神躯”的少年镇魂将一一曹焱兵为寻父母下落，与少女夏铃、北落师门等队友，闯入灵域禁地芦花古楼，并与守卫者“风花雪月”四王展开激烈交锋的冒险故事。
