故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
镇西侯府小公子百里东君离家出走、闯荡江湖，未曾想卷入是非漩涡，师父古尘身死、家族备受皇室忌惮，江湖的残酷展现在少年的眼前。为了寻找自己的道路、守护重要的人，百里东君随此前结交的北离八公子前往天启城稷下学堂习武。在那里，百里东君与至交好友叶鼎之相识，成为了天下第一李长生的弟子，遇到了很多后来将改变他一生的人物，开启了他的江湖传奇……
