在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战斗。
2126年的东京，是一个人工智能优化的城市，一名孤儿少女黑客隐匿其中，因为帮了她唯一的朋友一个忙，无意中卷入了由被社会排挤的摩托车手组成的慈善团伙，通过一起与毒品集团有关的谋杀案调查，揭露了这个看似乌托邦的城市背后的阴暗面。
