在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战斗。
在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。
秀知院学园是秀才云集的精英学校，在学生会中担任学生会副会长四宫辉夜遇见了学生会长白银御行。 原以为这两个任谁都觉得很登对的天才应该很快就会在一起，但这两人却因为过高的自尊心导致他们终没能向对方告白。 “该用什么办法才能让对方向自己告白呢？”在这场恋爱头脑战中用尽各种智慧谋略、身经百战的两人，各自在心中下了某个决心。 在秀知院学园高中部的文化祭“奉心祭”的最终日到来前，两人的恋情将会出现巨大的进展。
原島拓也、時村和樹和須賀沼大三名少年机缘巧合地获得了神奇的宝石パワーストーン，并唤醒了勇者机器人ドラン。而ワルザック共和帝国的第一王子ワルター则为了自己的野心而对三人发动了攻击，于是少年们的战斗就这么开始了。
曾经，小林三平（喜多村英梨 配音）和一位少女有着一个浪漫的约定，一晃眼十年过去，虽然两人此刻早已天各一方，但小林从未忘记过这段美好的回忆，并且时刻希望能够再度获得这位少女的音信。 某个平平无奇的早晨，当小林睁开眼睛时，却发现一个红衣绿发的机器人出现在自己的身边，机器人名叫可美克（斋藤千和 配音），它此番前来寻找小林，竟然是为了和他结婚。就这样，小林在莫名其妙之中开始了和可美克的同居生活，与此同时，陪伴在小林身边的还有他的青梅竹马牧原泉（高桥美佳子 配音）、电波少女早川美咲（钉宫理惠 配音）和搜查官黑崎凉子（白石凉子 配音）。
1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。 2000年，天才少年·高山我梦在一次试验中见到神秘的红色光之巨人。当破坏招来体第一次进攻的时侯，XIG起不到作用。此时，我梦坠入光之隧道，并再次看见巨人，他希望巨人能赐予力量保卫地球。于是，巨人与我梦合二为一，并与破坏招来体展开了战斗。 在战胜破坏招来体之后，我梦加入了XIG，而巨人则被命名为“盖亚”。但此时，另一名青年·藤宫博也亦拥有着变身成巨人“阿古茹”的力量。两个巨人与破坏招来体将会展开一连串的战斗。
单行本第17卷限定版同捆OAD
看破虚假，击退伪装，终至神之奇迹。 这就是我们奇迹调查官的义务—— 天才科学家平贺，与古文书暗号解读专家罗伯特。 两人是一对好搭档，是梵蒂冈所属的“奇迹调查官”—— 那是对来自全世界的奇迹的真伪进行调查与判别的秘密调查官。 在为调查而造访的地点遇到的不可思议事件——浮现的圣痕、流泪的玛利亚像。 在判定奇迹的真伪过程中，突然发生的奇怪事件—— 天才神父组合的事件簿，开幕！
