ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
平凡的高中生相川步，在莫名其妙的因缘下被卷入震惊社会的连环杀人案中身亡，但他竟然死而复生了。原来在事件发生之前与步偶然邂逅的死灵法师优，将他变成了僵尸而复活。再加上来自魔法世界的少女战士春奈，与另一个吸血忍者少女瑟拉，甚至演变成步跟她们全同居在一起的局面……
