ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
拥有可以看得见死者的样子，同时拥有通过语言传递被叫做“口寄”能力的崔树深小姬。她在sm俱乐部以sm女王的身份工作。同时受到城市生活对策课工作的悠一郎的委托，处理一些怪异的事件。靠“口寄”作为副业维持生计。某天崔树深小姬和往常一样被派去调查在一间公寓里的一个奇怪东西时，被卷入了一件大事件里……
