这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪... 在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
憧憬着皇帝，向不败的三连冠冲刺的马娘东海帝皇，以及背负着名家的荣耀，向天皇赏连霸发起挑战的目白麦昆。二人既是对手，也是伙伴，一同向着梦想——「闪光系列赛」的优胜，全力奔跑！
卡门·圣地亚哥是位神偷，她运用自己的技艺做好事，在机灵的伙伴的帮助下，踏遍世界各地阻止邪恶的国际恶联。
前往古动物馆参观恐龙化石的心奇和霸王龙意外穿越到千万年前的恐龙时代，在永川龙——永宝的帮助下一起找寻回家之路。在这段惊奇刺激的旅程中，心奇、永宝和霸王龙一路领略美丽迷人的自然风光，并遇到了许多不同种类的恐龙。他们和温顺友好的食草恐龙交朋友，和狡诈凶恶的食肉恐龙斗智斗勇，最终合力战胜了居心叵测的暴龙，赢得了开启时空隧道的钥匙，在火山爆发之前和这片陆地上所有的恐龙一起回到了原来的世界。
墨家子弟——墨小羽被制成秦俑封存千年，苏醒时来到了现代都市。这座充满欲望的城市，蛰伏着窥觊活俑的各方势力。秉持着墨家侠义的秦朝少年，又将在现代都市展开一段怎样的神奇旅程……
