2010年，香港警队刑事情报高级督察卓凯（苗侨伟 饰）前往泰国曼谷，与当地潜伏的卧底追查跨国贩毒线。谁知过程中吉运帮头目Pak Key及其手下乐少锋（周柏豪 饰）突然介入，打乱计划。卓凯一行撤退时更遭遇一场精心策划的大爆炸，导致其他卧底命丧火海。返港之后，卓凯心灰意冷，有意辞职。就在此时，香港最大的社团长兴祸起萧墙，昔日同袍持刀相向，大战一触即发。另一方面，高级督察黎瑞权（张兆辉 饰）唯恐长兴内部的5个卧底身份曝光，情急之下删掉卧底档案。 为了寻找失联的卧底，卓凯等人再度遁入血雨腥风之中……
故事的主人公是反恐特战队队长钟原，他在执行任务中成功击毙了猛犸组织的二号人物，却因此引来了该组织的复仇行动。在解救妻子赵欣的过程中，钟原不幸被注射了一种病毒，导致他倍受折磨。与此同时，DK生物公司的董事长江寒（何晟铭 饰）邀请赵欣（牟星 饰）及其父亲参加公司的“有益菌”研究项目。赵欣是生化专业的高材生，也是钟原的初恋情人。在钟原所在的反恐指挥中心得知T国的请求后，决定派遣专家潜入DK公司调查。 赵欣在失去爱子后主动请缨“退出现役”，深入虎穴，开始调查有关DK公司的情况。随着一系列接连不断的恐怖事件发生，一个名为“新纪元计划”的阴谋逐渐浮出水面。钟原尽管身处病痛之中，仍然率领乔大鹏、麦萌萌等特战队员，决定绝地出击。在他的爱妻赵欣和五年前“失踪”的战友陆豪的协助下，他们成功粉碎了恐怖组织的连环阴谋和生化袭击，揭露了江寒利用“有益菌”制造病毒的真实计划。
